В 1999 году по благословению Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II Отдел внешних церковных связей Московского Патриархата (ОВЦС МП) образовал на базе гостиницы «Университетская» Паломнический центр Московского Патриархата, перед которым была поставлена задача – содействие возрождению православного паломничества и создание церковной гостиничной сети. С тех пор Паломнический центр проделал большую инновационную работу, чтобы гостиница «Университетская» стала первой в России мирской крупной гостиницей паломнического класса. Сегодня она принимает гостей столицы, паломников и туристов из всех регионов России и стран мира. К услугам гостей около 300 номеров со всеми удобствами – одноместные, двухместные, трехместные, повышенной комфортности. В гостинице работают бар, кафе с русской и европейской кухней, чайная, служба паломнических и туристских услуг, где можно заказать паломническую поездку по святым местам Москвы, Подмосковья, России и зарубежья. Также к услугам гостей магазины, парикмахерская, залы для банкета, семинаров и переговоров.

На 15 этаже гостиницы «Университетская», управляемой Паломническим центром, с августа 2003 года открыт самый высокий храм в Москве – Домовой храм во имя святой равноапостольной великой княгини Ольги, первой известной нам русской паломницы, которая в 954 году отправилась в Константинополь с целью паломничества и с дипломатической миссией.

На базе Паломнического центра с 2004 года действует Православный просветительский комплекс (бывший кинотеатр «Литва»), который располагает залом на 500 мест, где проводятся различные общественные и церковные мероприятия международного и общероссийского значения. В художественной галерее комплекса постоянно проходят выставки работ известных и талантливых художников.

Центр с 2001 года издаёт журнал «Православный паломник», расчитанный на широкую читательскую аудиторию. На страницах журнала рассказывается о святых местах в России и за рубежом, публикуются произведения богословов, ученых, православных писателей, ранее не изданные архивные материалы.